बयान पर विवाद होने के बाद भारती ने हालांकि सफाई दी लेकिन तब तक देरी हो चुकी थी। उन्होंने कहा कि वह मालवीय के बारे में बोल रहीं थी ना कि वाजपेयी के बारे में। टाइम्स ऑफ इंडिया के अनुसार, जब अलीगढ़ मेयर को उनके भाषण का वीडियो दिखाया गया तो उन्होंने कहा, ”मुझे नहीं पता ऐसे कैसे हुआ। यदि मैंने गलती की है तो मुझे इस पर खेद है। वाजपेयी जी का मैं काफी सम्मान करती हूं और उनके लंबे व स्वस्थ जीवन की प्रार्थना करती हूं।” उन्होंने साथ ही कहा कि वह अपने बयान के चलते दुखी महसूस कर रही हैं। भारती ने कहा कि अगर उनके बयान से किसी को चोट पहुंची है तो वह बिना शर्त माफी मांगती हैं।
अलीगढ़ मेयर और भाजपा नेता शकुंतला भारती इससे पहले भी कई बार विवादों में आ चुकी हैं। इसी साल जुलाई में उन पर साम्प्रदायिक सौहार्द्र बिगाड़ने का आरोप लगा था। इससे पहले फरवरी में उन्होंने अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी में बीफ परोसे जाने का आरोप लगाया था। हालांकि यूनिवर्सिटी की ओर से इसका खंडन किया गया था। जून में भारती ने आरोप लगाया कि अलीगढ़ मुस्लिम यूनिवर्सिटी के अधिकारियों ने गाय की हत्या की और छोटे से मंदिर को नष्ट कर दिया।
